Aperto nel 1988 ed ospitato nella ambientientazione  cinquecentesca della fortezza medicea della Linguella, documenta il ruolo strategico svolto dall'Arcipelago Toscano nel commercio marittimo dell'Antichita.

Sono esposti, ordinati secondo una linea topografica, reperti provenienti dall'Arcipelago Toscano per un arco cronologico che va dalla fine del VIII secolo a.C. al V secolo d.C. 
Di rilevo notevole  anfore del periodo arcaico, ancore e attrezzature navali provenienti da relitti, reperti di epoca romana rinvenuti nelle ville di Linguella, Capo Pero e Grotte.
Di interesse l'ara in granito di Attiano del II sec. d.C.